要数近年来科学上的重大发现，莫过于2012年7月4日由欧洲核子研究组织(CERN)发现的“上帝粒子”。CERN在实验中协助大型强子对撞机(LHC)进行科学运算的，便是由CERN自家开发的Linux。

CERN在实验中使用的系统是Scientific Linux和Ubuntu Linux。其中Scientific Linux是一款由美国的费米国家加速器实验室(Fermilab)和CERN合作开发的Linux版本。Scientific Linux以Red Hat Enterprise Linux(RHEL)为基础开发，以进行科学计算为目标，基本上已经包含RHEL大部分的功能，而且版本升级速度和RHEL相当接近，更一度超越另一个同样以RHEL为蓝本的Linux版本CentOS。

CERN日常的运算都会交由Linux上进行，并辅以其他开源软体。一般的数据解析都会使用Windows进行，但因为Linux在高性能运算HPC上的选择比较多，方便配合LHC使用。CERN更为了方便科研人员在统一的系统环境下进行科学运算，开发了以Linux为基础的虚拟化系统CernVM。科学运算对系统要求相当高，在不同电脑上硬体的轻微差异，都会影响运算的结果。CernVM可以在Linux、Mac OS X和Windows上执行，将实验用的系统环境统一。