开源拥护者热衷于呼吁进行专利和版权改革，却完全忽视了商标的问题。商标从根本上说也是与开源标榜的自由相悖。Ubuntu指南《Ubuntu Pocket Guide and Reference》一书的作者就遇到过此类问题，Ubuntu发行版的开发商Canonical公司的雇员曾友好的与他商讨，指出社区项目使用商标没有限制（虽然也需要遵循一些规则），但商业使用必须申请商标许可证。作者因此而提出疑问，认为商标对开源有害： 即使在Linux社区，商标也像专利或版权一样阻碍商业使用....难道开源应该这样运作的？限制再发行？严格控制谁可以编译软件，谁仍能采用它的专有名称？...商标几乎完全与开源所推崇的自由不相兼容。商标严重限制了某一特定产品所有活动。如果一个开源公司信奉商标，那么也就接受这种理念。一方面它鼓吹自由，另一方面它却要拿走自由。